У пачатку мая 1992 года ў Кіеўскай духоўнай семінарыі адбыўся падзел сярод семінарыстаў і выкладчыкаў, выкліканы розным стаўленнем да дзеянняў мітрапаліта Кіеўскага і Галіцкага Філарэта (Дзенісенкі), які выступіў за стварэнне Украінскай праваслаўнай царквы Кіеўскага Патрыярхату. Пасля Харкаўскага сабора 27 мая 1992 года рэктар семінарыі архімандрыт Данііл (Чакалюк), прызначаны на гэтую пасаду 7 жніўня 1991 года, абвясціў аб падтрымцы мітрапаліта Уладзіміра (Сабадана). На ўстаноўчым саборы УПЦ КП 26 чэрвеня 1992 года архімандрыт Данііл (Чакалюк) далучыўся да Філарэта (Дзенісенкі). Разам з архімандрытам Даніілам ва УПЦ КП перайшлі 2 выкладчыка семінарыі ў Святым сане і каля 10 семінарыстаў, якія сталі асновай новай семінарыі[1][2]. Рэктарам семінарыі стаў архімандрыт Данііл (Чакалюк). Навучальная ўстанова размясцілася ў стылабаце пад Андрэеўскай царквы ў Кіеве і рэштках памяшканняў былога Міхайлаўскага Залатаверхага манастыра[3].
Пасля гэтага з’явіліся дзве паралельныя кіеўскія духоўныя семінарыі — адна працягвала дзейнічаць у Лаўры, дзе выконваючым абавязкі рэктара быў прызначаны протаіерэй Аляксандр Кубеліус; другая — семінарыя УПЦ Кіеўскага Патрыярхату дзейнічала ў стылабаце Андрэеўскай царквы. Па словах Філарэта (Дзенісенкі), навучанне ў Андрэеўскай царквы стала працягам папярэдняга — лаўрскага. Абедзве семінарыі ўзводзілі сваю гісторыю да Кіева-брацкай школы, заснаванай у 1615 годзе. Было набрана тры класа багаслоўскай школы, а ў 1993 годзе адкрылася Кіеўская духоўная акадэмія УПЦ КП[4].
Науково-педагогічні ідеї та діяльність викладачів Київської духовної академії (друга половина XIX — початок XX століття) : автореферат дисертації … кандидата педагогічних наук : 13.00.01 / Твердохліб Тетяна Сергіївна. ― Харків, 2012.
