2006년 아프리카 네이션스컵은 25번째 네이션스컵으로, 아프리카 축구(CAF)의 챔피언을 가리는 자리이다. 25회 네이션스컵은 이집트에서 2006년1월 10일부터 2월 10일까지 개최되었으며, 16개 본선 진출팀이 4개 조로 나뉘어 상위 두 팀이 8강에 진출하는 시스템을 갖추고 있다. 이번 아프리카 네이션스컵은 주최국인 이집트가 다섯 번째의 우승컵을 들어올렸다.
2006년 아프리카 네이션스컵에서는 예선전이 2006년 독일 월드컵 아프리카 예선을 통해 대체되었다. 1라운드에서는 42개 팀이 홈 앤 어웨이 형식으로 승자를 가려 2라운드에 진출하게 되고 2라운드에서는 1라운드를 거친 21개팀과 2002년 FIFA 월드컵 본선에 진출한 5개팀(나이지리아, 남아프리카 공화국, 세네갈, 카메룬, 튀니지)과 FIFA 랭킹 상위 4개팀(콩고 민주 공화국, 코트디부아르, 이집트, 모로코)까지 총 30개 팀이 다섯 그룹으로 나뉘어 조별리그를 진행하여 각 조의 1위 팀은 2006년 FIFA 월드컵에 진출하게 되고, 각 조의 1~3위 팀은 2006년 아프리카 네이션스컵에 참가하게 된다. (단, 3조의 이집트는 개최국이므로 제외한 5팀 중에 1~3위 팀이 네이션스컵에 진출하게 된다.)
이 대회부터는 전 대회 우승 팀의 본선 자동진출권이 폐지되었다. 따라서 지난 대회의 우승 팀인 튀니지는 전 대회 우승 팀의 자격이 아닌 5조 1위의 자격으로 본선에 진출했다.
이 부분의 본문은 2006년 FIFA 월드컵 아프리카 지역 예선입니다.
