Пећине Републике Српске су спелеолошки објекти на територији Републике Српске под заштитом Завода за заштиту културно историјског и природног насљеђа Републике Српске. Пећине имају статус природног добра у Републици Српској. Најдужа пећина Републике Српске са укупном дужином свих подземних канала од 2.800 метара је Велика пећина. Једина пећина у Републици Српској која је оспособљена за туристичке посјете је пећина Орловача у општини Пале. Највећи ледени подземни објекат у Републици Српској је јама Ледана у општини Рибник. Станиште највеће колоније слијепих мишева у Републици Српској се налази у пећини Мишарица код Бањалуке. Једина пећина на територији Републике Српске која се користи као сакрални објакат, односно за службе Српске православне цркве је Павлова пећина.[1]
На простору пећина и крашких понорница Републике Српске, честа је појава човјечија рибица.
Пећина Мишарица је станиште највеће колоније слијепих мишева у Републици Српској. Заштићене врсте слијепих мишева са стаништем у овој пећини су: Rhinolophus ferrumequinum, Rhinolophus euryale, Myotis myotis и Miniopterus schreibersi.
Ваганска пећина је станиште неколико ријетких врста слијепих мишева: Barbastella barbastellus, Myotis bechsteinii, Myotis emarginatus и Rhinolppus ferrumequinum.
Пећина Растуша је и станиште слијепих мишева.
Два језера Велике пећине су станишта риба гаовица.
Археолошки локалитети
У пећини под липом су откривени палеолитски гравирани цртежи који су најстарији на простору Републике Српске. Поред цртежа, откривене су и камене алатке и оруђа, артефакти који су датирани у доњи, средњи и горњи палеолит. Пећину је насељавао прачовјек током дужег временског периода, а ово налазиште је од прворазредног значаја за читаву југоисточну Европу.
У пећини Ледењачи су откривени праисторијски цртежи а у њој су боравили праисторијски људи. Праисторијски цртежи су рађени гравирањем урезаних линија и пунктирањем група ситних тачкица.
У пећини Растуша је откривено камено оруђе и комадићи дрвеног угља.
У пећини Мишарица су пронађене двије бронзане сјекире, венецијански бронзани новчићи, фрагменти керамичких посуда и кресиво за пушку кремењачу.
Палеонтолошки локалитети
У пећини Кук су пронађени најстарији (36.000-40.000 година) остаци пећинског медвједа (Ursus spelaeus) у Републици Српској.
У пећини Орловача су пронађени остаци пећинског медвједа (Ursus spelaeus), као и инсект из породице Coleoptera, рода Charonitis, подврсте Zoopai orlovancensis.
У пећини Растуша су пронађени остаци плеистоценског вука (Canis lupus) и пећинског медвједа (Ursus spelaelus).
У пећини Бања Стијена су пронађени остаци пећинског медвједа (Ursus spelaeus) и пећински инсекти: Anophthalmus (Duvalis) kauitianus, Pholeuonopsis setipennsis, Bathuscia kaunti.
Испред отвора пећине под липом су пронађени остаци пећинског медвједа (Ursus spelaeus).