모든 아프리카 축구 연맹 소속 54개 팀이 참가하여 조별 예선을 치른다. 조별 예선은 홈과 원정에서 각자 한 경기씩 치르는 더블 라운드 로빈 방식으로 한 팀당 10경기를 치르게 된다. 각 조 1위만 2026년 FIFA 월드컵 본선에 진출하고 각 조 2위팀들 중 상위 4팀들은 대륙간 플레이오프에 참가할 1팀을 뽑기 위해 2차 예선에 진출한다. 다만 아프리카 축구 최약체팀 중 하나인 에리트레아가 경기를 시작하기도 전에 기권을 선언하면서 E조만 유일하게 5팀이 예선을 치르게 되었다.
↑콩고 공화국은 2025년 2월 6일에 콩고 축구협회에 정부의 간섭 때문에 FIFA로부터 회원자격 정지되었다.[1][2] 콩고 공화국 대표팀의 지역 예선 신분 상태의 어떤 선언도 즉각 알 수 없었다. 아프리카 축구연맹은 콩고 공화국 대표팀의 남은 경기 일정들을 모두 취소하였다. 그러나, 탄자니아와 잠비아는 콩고 공화국의 기권으로 3-0 기권승 처리되었다.[3] FIFA의 제재는 2025년 5월 14일에 FIFA에 의해 해제되었다.[4]
↑에리트레아는 지역 예선 경기 시행 직전 월드컵 아프리카 지역예선으로부터 기권하였다. 에리트레아 선수들이 만일 외국으로 여행 허용시 반복적으로 선수들이 정치적 망명을 추구할 것으로 추정되므로.[5][6][7]