Место надлежног архијереја било је упражњено до маја 2023. будући да је доскорашњи митрополит Порфирије (Перић) дана 18. фебруара 2021. изабран за 46. патријарха Српске православне цркве. Седиште митрополије је у Загребу где се налази и Саборна црква. Тада је за новог администратора митрополије изабран Кирило (Бојовић).
Након обнове Српске патријаршије1557. године у време патријарха Макарија Соколовића, на подручју доње Славоније, која је била под турском влашћу, установљена је српска православна Пожешка епархија чији су митрополити имали седиште у манастиру Ораховици. Током читаве друге половине 16. века, између Срба у турској (доњој) Славонији и Срба у хабзбуршкој (горњој) Славонији постојале су живе везе које су биле оснажене честим пресељавањем становништва. У јесен 1595. године пожешки митрополит Василије напушта турску доњу Славонију и прелази под окриље хабзбуршке власти у горњу Славонију (Вараждински генералат). Његов долазак прихватиле су и војне власти. Тиме је постављен темељ за стварање посебне српске православне епархије на подручју Вараждинског генералата.
Претпоставља се да су управо у то време учињени и први кораци ка стварању манастира Марче. Новостворена српска православна Марчанска епархија која је касније називана и „Вретанијском” постојала је током већег дела 17. века. Наследници владике Василија морали су да издрже тешку борбу против насилног наметања уније са Римокатоличком црквом. Владика Гаврило Мијакић је 1671. године оптужен и заточен под наводном кривицом за учешће у противдржавној завери хрватских грофова Зринског и Франкопна. Живот је завршио 1686. године, а у међувремену Срби у Вараждинском генералату нису имали свог православног епископа.
Током 17. века, уз манастир Марчу, друго главно средиште православља на овим просторима био је и манастир Лепавина. Током 1692. и 1693. године, на том подручју боравио је српски патријарх Арсеније III Црнојевић, који се најдуже задржао управо у Лепавини. Пошто државна власт у то време није дозвољавала постављање посебног српског епископа за подручје Вараждинског генералата, патријарх Арсеније је пронашао друго решење. Приликом именовања Софронија Подгоричанина за пакрачко-славонског епископа (1705), под његову надложност је поред доње Славоније (Мала Влашка) потпала и горња Славонија са Вараждинским генералатом. Међутим, чак ни ово решење није било по вољи државним властима, услед чега су пакрачко-славонски епископи наилазили на бројне потешкоће приликом остваривања своје надлежности у областима горње Славоније. Управо због тога, тамошњи православни народ је заједно са својим свештенством покренуо борбу за обнову посебне епархије на подручју Вараждинског генералата.
Лепавинска епархија
Године 1734. успостављена је Лепавинска епархија са првим седиштем у манастиру Лепавина, а потом у Северину. Њен први и једини епископ био је Симеон Филиповић (1734—1743). Након његове смрти, епархија је током неколико година била администрирана. Године 1750. ова је епархија је сједињена са Костајничком епархијом, која је 1771. укинута и подељена, тако да је подручје некадашње Лепавинске епархије прикључено Славонској епархији у чијем је саставу остало све до 1931. године.
Саборна црква Митрополије загребачко-љубљанске је Црква Преображења Господњег на тзв. Цвјетном тргу или Тргу Петра Прерадовића у Загребу. Ради се о некадашњој римокатоличкој Цркви Св. Маргарете која је припадала Загребачкој бискупији, а спомиње се на овом месту од 1334. као жупна црква уз коју су се одржавали „маргаретски сајмови” (одржавали су се од 1337). Касније је црква припала жупи Св. Марка, а 1794. продана је грчким православним трговцима који су тада као трговци и новчари боравили у Загребу. Кад Грка више није било, црква је почела служити православним Србима. Због овакве историје саборног храма, улица која пролази иза цркве и данас се зове Маргаретска, а она која пролази испред ње зове се Преображенска.
Дана 4. маја 2007. довршен је иконопис у унутрашњости цркве, а израдио га је руски иконописац Николај Александрович Мухин.
Гавриловић, Славко (1986). „Срби у Хрватској од бечког рата до рата 1716—1718”. Историја српског народа. књ. 4, св. 1. Београд: Српска књижевна задруга. стр. 62—77.
Гавриловић, Славко (1986). „Срби у Хрватској од аустро-турског рата 1716—1718. до рата 1737—1739”. Историја српског народа. књ. 4, св. 1. Београд: Српска књижевна задруга. стр. 176—191.
Гавриловић, Славко (1986). „Срби у Хрватској од Београдског мира до краја XVIII века”. Историја српског народа. књ. 4, св. 1. Београд: Српска књижевна задруга. стр. 217—232.
Гавриловић, Славко (1996а). „Унијаћење Срба у Хрватској, Славонији и Барањи (XVI-XVIII век)”. Српски народ ван граница данашње СР Југославије од краја XV века до 1914. године. Београд: Завод за уџбенике и наставна средства. стр. 37—47.
Гавриловић, Славко (1996b). „Проблем унијаћења и кроатизације Срба”. Република Српска Крајина. Топуско-Книн-Београд: Српско културно друштво „Сава Мркаљ”, Српско културно друштво „Зора”, Радничка штампа. стр. 111—126.
Грујић, Радослав (1908). Пропаст манастира Марче. Загреб: Српска штампарија.