Јани Попов е роден на 27 септември1878 г. во село Карахадар (денес во Турција). Потекнувал од родољубиво словенско семејство, и од мал војводата се одликувал како будно дете вљубено во учењето. Брат е на идниот војвода Димитар Попниколов. Дедо им Јани Б’чваров пламенито му раскажува на внука си за гостувањето на Левски во нивниот дом и создавањето на првиот нелегален комитет во лозјето на хајдук В’лкан. Учи во родното село, а подоцна учи занает и работи во Лозенград.
Во 1901 г. Попов нелегално ја преминува границата баран од турските власти во врска со Керемидчиоглувата афера и се населува во Бургас. Подпомогнат и од други бегалци од Тракија Јани Попов започнува работа како кантонер по железничката линија Бургас – Поморие.
За револуционерна дејност е осуден во отсуство, заедно со брат му, од Одринскиот воен суд на 101 години затвор. Две години подоцна тој се враќа нелегално по родните места со агитаторската чета на Лазар Маџаров. Тоа е почетокот на неговата активна дејност како комита.
Ги обиколуваат селата од Лозенградско, создаваат нелегални комитети и смртни дружини. На конгресот на Петрова нива Јани Попов учествува како делегат и е определен за војвода на полскиот участок на Лозенградскиот револуционерен реон. На конгресот станува и првото бојно крштевање на четата на Јани Попов. Во текот на последниот ден на конгресот турски аскер наидува на тајните постови, a четите на Јани Попов и Дико Џелебов ги разбиваат.
При извлекувањето од реонот на конгресот четата на Јани Попов паѓа на заседа. Благодарение на помошта на четата на Цено Куртев Турците се принудени да се повлечат. Двете чети извесно време се движат заедно, а подоцна се разделуваат. Во таа битка убиени се двајца Турци.
Илинденско востание
На 5 спроти 6 август во навечерието на Илинденското востание, пред зајдисонце, во Кавакли пристига мајка Парашкева - Карахадарската попадија, мајката на Јани Попов.
Начула дека и Јани е наоколу, и за да се спречи предавство се испратени курири да ги соберат четниците и смртните дружини од селата и да ги поведат кон центарот на Ениџија. Удираат камбаните, ги собират луѓето од селото и ги казнуваат предавниците.
Подоцнежна дејност
После востание Јани Попов дејствува со четата низ Странџа до Младотурската револуција. Во текот на 1904 г. војводата учествува во тракийскиот конгрес во Варна. Учествува во Балканските војни. После Втората балканска војна во 1913 година се заселува и живее во Ортаќој. Учествува во создавањето и развивањето на Тракиската организација во заштита на интересите на тракиските бегалци, како и на првиот собор на Петрова нива во 1928 г.
Публицистика
Јани Попов е автор на стихозбирката Странџанска гусла (1905), издадена повторно во 1909 година како Странџански жалби. Стихозбирката е зборник од ајдучки и револуционерни песни, запишани на локално наречие од Лозенградско, Малкотрновско и Бунархисарско.